En 1997, elle tient pour la première fois dans un pays du Sud, à Dakar, son Congrès mondial, qui confirme l’urgence de contrer une mondialisation économique porteuse de violations flagrantes des droits humains. Cette année, la FIDH crée, avec l’OMCT,
l’Observatoire pour la protection des défenseurs des droits humains, confirmant ainsi la protection des défenseurs et des ONG indépendantes comme une priorité d’action. Cette protection doit contribuer à renforcer la capacité des acteurs locaux à
contribuer au changement de leurs sociétés en faveur du respect des normes universelles.
En 1998 et en 2000, un instrument et un mécanisme de protection sur les défenseurs sont respectivement créés au niveau des Nations Unies. La FIDH n’aura de cesse de se battre pour leur effectivité et la création de tels mécanismes au sein des autres
organisations internationales et régionales.
En 2001, la FIDH tient son Congrès mondial au Maroc. L’impératif de responsabilité des auteurs de violations des droits de l’Homme, qu’ils soient États, entreprises, institutions ou individus, est au cœur de la mobilisation du mouvement.
En 2002, l’entrée en vigueur du statut de la Cour pénale internationale concrétise l’un
des plus anciens combats de la FIDH.
En 2003, l’attribution du prix Nobel de la paix à Shirin Ébadi, avocate iranienne et partenaire de longue date de la FIDH, met en lumière l’engagement quotidien des défenseurs des droits humains aux côtés des victimes dans les situations les plus à
risques.
En 2004, une plainte pour torture et mauvais traitements à Guantanamo et à Abou Ghraib est déposée en Allemagne, avec le CCR, nouvelle affiliée à la FIDH aux Etats unis, contre l’ancien secrétaire d’Etat à la Défense américain, Donald Rumsfeld ; cette procédure durera 4 ans, c’est l’une des actions phares de la FIDH dans le domaine du respect des droits humains dans la lutte contre le terrorisme.
En 2006, la FIDH prend position publiquement pour s’élever contre l’exécution de l’ex-dictateur de l’Irak, Saddam Hussein, et déplore le fait qu’une occasion historique, qui aurait permis de juger les crimes de Saddam Hussein selon les principes d’un
procès équitable ait débouché sur une parodie de justice.
En 2007, une plainte pour torture et maltraitances à Guantanamo et Abu Ghraib a été introduite contre l’ex-secrétaire américain à la Défense, Donald Rumsfeld, dans l’intention de lutter contre l’impunité à haut niveau. Cette même année, Souhayr Belhassen, une journaliste tunisienne et défenseur des droits humains est devenue la première femme (qui plus est, une femme arabe et musulmane) à être élue à la présidence de la FIDH. Afin de répondre à une nouvelle dégradation de la situation des droits humains dans le monde (extrême pauvreté, résurgence des conflits,… ), à
la diversification des méthodes répressives utilisées par un nombre d’acteurs là aussi
de plus en plus diversifiés, la FIDH a élargi son secrétariat international afin de mieux répondre aux besoins de ses organisations sur le terrain et de les soutenir dans l’utilisation d’instruments et de recours de protection de plus en plus techniques et
nombreux. Le secrétariat a ouvert des bureaux tout au long de cette décennie à Bruxelles, Genève, La Haye, New York, Le Caire, Nairobi et Bangkok. L’année 2008 constitue un tournant sur la question de la peine de mort : l’ONU adopte un moratoire universel sur la peine de mort ; le Kirghizistan, l’Ouzbékistan abolissent la peine de mort. Ils seront suivis par le Togo en 2009, résultat d’une
mobilisation continue de la FIDH et de sa ligue membre. En 2008, le combat pour la justice internationale que mène la FIDH depuis des années a été marqué par des développements sans précédent : la FIDH avec ses Ligues ont obtenu, en effet, de grandes victoires comme l’ouverture de la première affaire de la CPI sur la République centrafricaine ; la prise en compte par le Procureur de la CPI de
nouvelles charges, notamment concernant des crimes spécifiques, contre certains accusés congolais ; la mise en conformité du droit sénégalais avec le Statut de Rome et les conventions internationales de protection des droits humains ; la
condamnation d’un vice-consul tunisien pour actes de torture. Mais les défis de l’universalité de la justice et le besoin de protection des personnes affirmant leurs droits devant les tribunaux nationaux et internationaux demeurent. La condamnation d’Alberto Fujimori et le mandat d’arrêt émis par la CPI contre le président du Soudan en 2009 constituent aussi des victoires essentielles. 2008 verra aussi l’adoption du protocole facultatif au Pacte international relatif aux droits économiques sociaux et
culturels (DESC). Les victimes de violations des droits ont, enfin, une possibilité de recours individuel au niveau international. Cette avancée couronne des années de mobilisation de la FIDH en faveur d’une pleine et juste reconnaissance des droits économiques, sociaux et culturels pour tous. Ce développement s’inscrit également dans un contexte où la mondialisation économique est de plus en plus remise en cause et où la responsabilité des acteurs non-étatiques, notamment les entreprises multinationales, se retrouve au cœur des débats. La FIDH plaide pour que les droits humains soient intégrés dans les relations économiques et que tous les acteurs (Etats, entreprises, institutions financières) puissent répondre de leurs actes.
En 2008-2009, le combat de la FIDH pour les droits des femmes porte aussi ses fruits : adoption par l’Union européenne des lignes directrices sur les droits des femmes, la ratification par la République démocratique du Congo (DRC) en février et par le Cameroun en mai du Protocole à la Charte africaine des droits de l’homme et des peuples relatif au droit de la femme en Afrique ; l’adoption au Burkina Faso en avril d’une loi sur les quotas qui exige un minimum de 30% de femmes sur les listes
électorales municipales et législatives et l’adoption en Ouganda en décembre d’une loi prohibant les mutilations génitales féminines.
Le 4 mars 2009, la Cour pénale internationale (CPI) a lancé un mandat d’arrêt contre le président du Soudan, Omar el-Béchir. Cette décision représente une étape cruciale pour le développement de la justice internationale. C’est la première fois, depuis sa création en 2002, que la CPI délivre un mandat d’arrêt contre un président en exercice. La FIDH a été particulièrement impliquée dans cette décision : grâce à ses missions d’enquête et à ses interventions auprès du Conseil de sécurité des Nations-unies pour qu’il porte l’affaire devant la CPI, elle a obtenu l’ouverture d’une enquête et la délivrance de mandats d’arrêt contre les plus importants
membres du gouvernement soudanais – y compris le président Béchir.
Mars 2010, la FIDH tient son Congrès mondial en Arménie sur « La justice : le droit à
un recours effectif ». Ce congrès consacre l’universalisation de la FIDH. Des représentants originaires de tous les continents sont membres des organes dirigeants de la FIDH 19 nationalités y sont ainsi représentées. Ceux ci sont des femmes pour plus de 40%, et désormais la FIDH compte 178 organisations membres à travers le monde.